Sinopsis Detective Conan

Shinichi Kudo, seorang detektif SMA berusia 17 tahun yang biasanya membantu pihak polis menyelesaikan kes, diserang oleh 2 anggota sindikat misteri ketika mengawasi sebuah pemerasan. Ia kemudian diberi minum racun misteri yang baru selesai dikembangkan untuk membunuhnya. Namun, karena sebuah kesan sampingan yang jarang terjadi yang tidak diketahui anggota sindiket tersebut, racun tersebut mengakibatkan tubuhnya mengecil seperti kanak-kanak kecil berusia tujuh tahun setelah mereka meninggalkannya.

Untuk menyembunyikan identitinya dan untuk menyiasat keadaan sindiket tersebut, yang selanjutnya dikenali dengan nama Organisasi Berbaju Hitam atau Organisasi Hitam, dia menyamarkan namanya menjadi Conan Edogawa. Untuk mencari jejak sindiket tersebut, dia tinggal bersama dengan teman sejak kecilnya, Ran Mouri, yang ayahnya, Kogoro Mouri, merupakan seorang detektif swasta. Dia bersekolah di SD Teitan dan membentuk Kumpulan Detektif Cilik dengan 3 teman sekelasnya, iaitu: Ayumi Yoshida, Mitsuhiko Tsuburaya, dan Genta Kojima.Meskipun tubuhnya mengecil, ia tetap menyelesaikan kes. Biasanya, dia menyelesaikan kes-kes tersebut dengan meniru suara Kogoro Mouri dengan alat yang diciptakan oleh jirannya, Profesor Agasa. Kogoro Mouri, seorang detektif yang agak bodoh, awalnya bingung pada kemampuannya untuk menyelesaikan kes meningkat secara mendadak. Tetapi, kemudian dia tidak heran kerana dia senang ketenarannya yang meningkat. Ran Mouri pernah beberapa kali mencurigai bahawa Conan adalah Shinichi, namun kerana kecerdikan Conan, maka Ran pun percaya bahawa Conan bukanlah Shinichi.

Seterusnya dalam episod ini, tokoh utama lainnya, Ai Haibara, muncul. Ai adalah seorang bekas anggota Organisasi Hitam, yang memiliki nama sandi "Sherry". Nama aslinya adalah Shiho Miyano, seorang ilmuan yang mengembangkan racun APTX 4869 yang membuat tubuh Shinichi mengecil. Setelah kakaknya secara kejam dibunuh oleh anggota Organisasi Hitam, dia mencuba keluar dari organisasi itu, namun ia ditangkap.Dia mencuba bunuh diri dengan menelan pil APTX 4869, namun ternyata tubuhnya mengecil, dan dia berhasil keluar dari organisasi tersebut. Dia kemudian bersekolah di SD Teitan dengan nama samaran "Ai Haibara". Dia mengetahui identiti asli Conan dan membantunya dalam perjuangan Conan untuk menjatuhkan Organisasi Hitam.

Kemudian, Conan terlibat dengan Biro Investigasi Federal (FBI), dan mereka berhasil menangkap Kir, seorang anggota Organisasi Hitam. Kir kemudian diketahui merupakan seorang agen CIA yang menyamar, dan berjanji akan memberi informasi tentang Organisasi Hitam kepada FBI.Mereka kemudian mengembalikan Kir ke organisasi tersebut. Kemudian, dia memberitahukan kepada FBI bahwa di Organisasi Hitam ada seorang anggota baru dengan nama sandi Bourbon.